ドラマ【エージェントオブ シールド2】あらすじ・MCUクロスーオーバー|明らかになるオベリスクと騎兵隊とクリー人との繋がり

コロナパンデミックの最中の2020年に最終シーズンとなる「シーズン7」が放送され、全シリーズの完結を迎えた「エージェント・オブ・シールド(以下AOS)」

本来の計画では「仮想現実とAI/ロボットの反乱(エイダとLMDとフレームワーク)」と「悪魔との取引(ゴーストライダー)」を描いたシーズン5で、シリーズの完結とされていました。

コールソン長官による新生シールドの始動と共に幕を開けたAOSシーズン2。

シーズン1で謎だった「予言者・オベリスク」の役割が明らかになり、これが第3シーズンへの伏線となるとともに、シールド歴代最高の艦長と言われたゴンザレスのイリヤッド号に保管されていた「モノリス」という新たな火種が物語を締めくくりました。

デイジーの両親や闇堕ちしたグラント・ウォードの家族問題、そして、メイの愛称「騎兵隊」の由来となった「バーレーンの悲劇」の全容が明らかになりました。

青い肌のエイリアン「クリー人」の予備知識を知る重要なシーズンとも言えます。

ここではシーズン2の物語をネタバレでご紹介しています。

シーズン1のエピソードのあらすじのネタバレ
【ネタバレ注意】ドラマ【エージェントオブ シールド】シーズン1あらすじ・MCUクロスーオーバー

シーズン1の登場人物やキャラクターのネタバレ
ドラマ【エージェントオブ シールド】シーズン1登場人物やゲストキャラクターのネタバレ|インヒューマンズへの伏線GH325血清

シーズン1に登場するキーワード・設定・世界観解説
ドラマ【エージェントオブ シールド】シーズン1設定・用語・歴史・地名など


シーズン2の登場人物やキャラクターをネタバレ
ドラマ【エージェントオブ シールド 2】登場人物やゲストキャラクターのネタバレ|デイジーの過去とインヒューマンズの拡大への序章

シーズン2に登場するキーワード・設定・世界観解説
ドラマ【エージェントオブ シールド2】の設定・世界観・歴史・地名など|悪の組織ヒドラの幹部の実態

シーズン2の流れとクロスオーバー

シーズン1では、ロキに殺されたはずのシールドエージェント、フィル・コールソンが蘇った秘密と、コールソンのチームのメンバーに選ばれたエージェント、グラント・ウォードがシールドを裏切るところまでが描かれました。

同じ世界観を共有するマーベルシネマティックユニバース(以下MCU)との繋がり(クロスオーバー)としては、映画「キャプテン・アメリカ/ウィンターソルジャー」とのつながりがメインでした。

つまりアメリカの政府機関であるシールド内部に入り込み勢力を拡大していたヒドラが「蜂起」し、シールドという組織が崩壊。AOSシーズン2では、新たなシールドの長官となったコールソンが再起を図るところから始まります。

さらにシーズン1の第9話では、シーズン6やドラマ「エージェント・カーター」のシーズン2や、映画「ドクター・ストレンジ」などで主に展開する「マルチバース」関連のエピソードも少しだけ登場。粒子研究の実験での爆発によって入り込んでしまった「時空の間」から、想いを寄せていた女性を守ろうとしていたトバイアス・フォードという能力者が描かれました。

【ネタバレ注意】ドラマ【エージェントオブ シールド】シーズン1あらすじ・MCUクロスーオーバー

他にもシーズン2での主題となる「インヒューマンズ」の伏線がありました。

超人血清の研究に関わる花柄ドレスの女「レイナ」がずっと追っていたのが、インヒューマンズについての真実でした。インヒューマンズは青い肌のエイリアン、クリー人が作った兵士ですが、クリー人がどんな種族なのかについては、AOSのシーズン5で破滅後の人類を奴隷化したカサイアス一族や、映画「キャプテンマーベル」でキャロル・ダンバースを誘拐して記憶操作をし輸血によって彼女を飼い慣らしたヨン・ロッグ(ジュード・ロウ)らが暮らす惑星「ハラ」として、さらには「ガーディアンズ・オブ・ギャラクシー」ではロナンなどが登場。

さらに、シーズン1の物語序盤に登場し、レイナとイアン・クインが所有することになる「グラヴィトニウム」もまた、のちにAOSシーズン5で重要なトピックとして登場しました。

ドラマ【エージェント オブ シールド 5】ライトハウスや地球破滅の歴史を解説

ドラマ【エージェント オブ シールド 5】キャスト あらすじ 1~4シーズンのざっくり振り返りとチェックしておきたいマーベル映画

ドラマ【エージェント オブ シールド 5】最終話までネタバレあらすじ

シーズン2全体のあらすじと各話のあらすじ

第1話 新生S.H.I.E.L.D.始動/Shadows

1945年。SSRのペギー・カーターのチームがヒドラの最後の基地でラインハルト博士の拠点を制圧。レッドスカルが「死の答えがある」と言ったオベリスクもまた、「084」としてSSRによって押収される。
2014年。潜入捜査で最初の「084」であるオベリスクについての取引に臨んでいたコールソン率いるシールド。しかし謎の「第三者」に機密情報が載っているファイルを奪われてしまう。捕虜として収監されていたウォードからの情報では、その第三者はギャレットが飼い慣らしていたクリールという能力者であった。
何もかもが不足状態で、脳損傷が激しいフィッツが取り掛かっていた「移動司令室(通称:バス)のステルス化」も遅々として進まずにいたシールド。クリールに命を狙われたタルボット准将を助け、協力を申し出るコールソンだったが、交渉は決裂。
コールソンは、米軍施設からオベリスクとステルス装置を搭載する「クインジェット」を盗み出すという「大きな賭け」に出る。かろうじてクインジェットを持ち出すことに成功したシールドだったが、オベリスクを持ち出した一時雇いのハートリーら傭兵たちが乗っていた車がクリールに急襲され傭兵の一人ハンター以外は死去。オベリスクはクリールの手に渡ってしまう。

第2話 新たなる一歩/Heavy is the Head

スカイとトリプレットが持ち帰ったクインジェットからのステルス装置の解析と、バスへの転用のプロジェクトを開始するフィッツとメカニックのマックたち。
米軍に捕らえられたハンターは、コールソンの引き渡しをタルボットから要求される。ハンターはコールソンとも取引きをし、命を落とした傭兵仲間のハートリーとアイダホの分の報酬としっかりとした葬儀を出すことと引き換えに、クリールを捕まえる作戦へ動き出す。
シールドの研究員の資料を見たフィッツがクリール捕獲の方法を思いつき、通称「オーバーキル」という武器をマックの協力を得て改良し、ハンターの裏切りもありながらも、結果としてシールドはクリール捕獲に成功。
クリールを引き渡し、タルボットと「持ちつ持たれつ」の関係を築こうとするコールソンは、ステルス化されたバスなど、シールドの現時点での最大限のテクノロジーを見せつけタルボットの前から去っていく。
レイナは、どさくさに紛れてクリールから奪い取ったオベリスクをカル(ザボ)の元へ持ち込んでいた。レイナが触れたオベリスクに、コールソンやギャレットが刻んだ「謎の図形」が浮かび上がる。ハートリーとは違い、触れても石化することがなかったレイナは、カルに、オベリスクについてもっと知りたいという。カルはレイナに「私の娘を連れて来たら教える」と約束する。

第3話 氷の男/Making Friends and Influencing People

ホワイトホールとバクシが、シールドのエージェント33に洗脳施していた頃、シモンズはヒドラに潜入していた。
そこでシモンズは、アカデミーの後輩でもあるドニー・ギルがアカデミーでの一件以来「能力者」となり、シールドの崩壊後に姿を消していることを知る。その後の調べてシールドは、ギルがヒドラに狙われていることを知り、ギルを保護するために動き始める。
同じ頃、ギルとの繋がりがあることが知られたシモンズは、バクシとともにギルを説得するために、カサブランカ港の船へ向かう。
ギル奪還の現場に立ち会えず悔しい思いを抱くフィッツは、収容所のウォードから「ギルは、すでにヒドラの洗脳が完了していて、サンドボックスを奪ったのは、ヒドラの指令でギルが行ったことだった」という情報を引き出す。
船を凍らせてメイとハンターを殺そうとするギルをスカイが銃撃しギルはカサブランカの「凍った」海の中へ落ちていく。さらにスカイは機転を効かせ、シモンズの正体がバレないように、シモンズとバクシの近くに銃をわざと誤射。こうしてシモンズとバクシらヒドラは一時撤退する。
シールドのトップがコールソンであることを未だ知らないホワイトホールらヒドラ。バクシは、優秀なシモンズをホワイトホールの近くで働かせたいとホワイトホールに提案。
ウォード自身がヒドラによって洗脳されているのかを聞き出そうとするスカイにウォードは「お前の父親は生きていて、会わせることもできる。」と伝える。パラシュートで落下する時の心拍数60前後だったにも関わらず、ウォードから「父親が生きている」と聞いた時のスカイの心拍数は100を超えていた。

第4話 仮面の敵/Face My Enemy

火災にあったマイアミの教会で「謎の図形」が描かれた絵画が発見され、教会の再建イベントへ潜入するコールソンとメイ。
ペアダンスをしながら、警備員の配置や監視カメラの位置などの情報を分析。無線と銃を携帯する制服警備員が7名。コールソンとメイが個人的な目的で「謎の図形」を追っているということは、チームのメンバーは誰も知らずにいた。
(バクシが変装していた)タルボットがイベントに来場したことを知ったコールソンは、作戦を変更し、すぐさま絵画を盗みに向かう。記念撮影と称して、ソト氏の網膜をスキャンし地下室に侵入。しかしそこに絵画はなくバクシがすでに持ち出していた。
真相を探るためメイは、バクシが指定したホテルへ向かうがエージェント33とバクシに襲撃され気絶。エージェント33はメイの生体データを取得し、特殊なマスクによってメイになり済ますことに成功。メイになりすましたエージェント33とともにバクシのホテルへ戻るコールソンは、途中、異変に気づき偽物だと見破る。バクシの元から逃げた本物のメイはエージェント33と格闘し、コールソンは絵画を持って逃げるバクシをアイサーで倒し、絵画を奪うことに成功。
その頃バスは、エージェント33に仕込まれたウイルスのため、自爆装置が起動するが、ハンターとフィッツの働きで復旧に成功。これ機にフィッツは、塞ぎ込む状態から回復し始める。
絵画の裏の「謎の図形」はつい最近描かれたことが判明し、コールソンやギャレット以外にも同じ境遇の人物がいることが明らかに。
コールソンがシールドの指揮を執っていたことを知ったホワイトホールらヒドラは、絵画が盗まれたことを知りマイアミに向かおうとしていたレイナに接触し「48時間以内にオベリスクを持ってこい」と伝える。

第5話 闇に潜む医者/A Hen in the Wolf House

海軍兵士の結婚披露宴で数十人が変死を遂げる事件が発生。それは新幹部となっていたホワイトホールの率いるヒドラで研究が進められていた何十億人をも殺せる可能性のある兵器の実験だった。
スカイはウォードから生前のギャレットが、GH325を投与後に狂ったように「謎の図形」を描いていたことを教えられる。GH325を打ったうちスカイだけが何も反応がないことから、スカイ自身が「異星人」なのではないかとコールソンが仮説を立てており、スカイもこの事実を知ることになる。
ホワイトホールからオベリスクを持ってくるように脅されたレイナは、オベリスクを所有するカル(カルヴィン・ザボ博士)に拒否される。そこでレイナは、ヒドラ研究所にシモンズ潜入していることに気づき、シモンズのことをヒドラにバラす代わりに、スカイを引き渡すようコールソンに要求する。しかし、シールドエージェントのボビーをヒドラ研究施設に潜入させていたコールソンは、反対にレイナに発信機をつけ、シールドに協力するように伝える。
シモンズはシールドのスパイだと疑われるが、あらかじめヒドラに潜入していたボビーが救助し、二人はプレイグラウンドへ帰還する。
レイナから自らの父親の居場所を教えられたスカイは、単独でカルの元へ向かうが、カルはすでに他の場所へ移動し、スカイの姿をモニターしていた。部屋にはカルが殺した遺体が残されており、スカイは、父親の暴走を止めることを決意する。
コールソンが幾度も描き続けている「謎の図形」を見せられたスカイは「これは地図だ」と確信を持つ。
ホワイトホールらヒドラはラボを閉鎖し、移動を始めていたが、そこへカルが現れ取引をする。地球以外では「預言者」とも呼ばれるオベリスクを持ってきたカル。カルはオベリスクの扱い方を教えると話し、さらには共通の敵であるコールソンとシールドを破滅させるために協力しようとホワイトホールに持ちかける。

第6話 スプリンター爆弾/A Fractured House

シールドを装ったヒドラ部隊が、タルボットが出席する国連会議を襲撃し数人を殺害する事件が起きる。このことから、ウォードの兄・クリスチャン・ウォード上院議員は、シールドを強く敵対視し、「シールドは悪者」という印象を世間に植え付ける。
その際使用されたヒドラのスプリンター爆弾の情報を得るため沖縄のモリ・トシロウの元へ向かうボビー、メイ、ハンター。そこでヒドラの傭兵スカーロッティらが敵対するベルギーのベッカーズ外相を殺し、クリスチャンの提言である国際的な警察の創設を推し進めようとしていることが明らかになる。
コールソンはクリスチャンに接触し、大事な選挙を控えるクリスチャンに実の弟のウォードを拘束している事実を告げる。
その頃、マックとフィッツがヒドラの爆発物を調べる中で、ベッカーズ外相がヒドラと繋がっていることが判明し、メイたちは急遽ブリュージュのシールドの隠れ家へ向かう。ハンターとボビーの活躍もあり、隠れ家は取り戻すことができたが、オランダのシールド幹部のウォルターズをはじめシールドエージェント6名が命を落とすことになる。
コールソンとクリスチャンの取引が成立し、ウォードはクリスチャンに引き渡され移送されるが、準備をしていたウォードは手錠を外し移送トラックを乗っ取る。
こうしてクリスチャンはシールドがヒドラに乗っ取られていたことと、自らの弟がヒドラであることを世間に公表。
スカイは父親のカルが湖南省で起こした事件について「スカイの母を誘拐したシールドを装っていたヒドラたちを標的に虐殺した」と言う事実をウォードから教えられる。
その頃ある刺青屋で、全身に「謎の図形」を掘り込む男が、最後の仕上げをしようとしていた。

第7話 最後のピース/The Writing on the Wall

女性がバーで出会った男に殺害され、彼女の額に「謎の図形」が掘り込まれる事件が発生。スカイとコールソンが遺体を調べたところ、被害者、加害者の両方からGH325と同様の血清の痕跡が見つかり、さらには、二人とも元シールドのエージェントであることが判明する。この頃には毎晩「謎の図形」を描くようになっていたコールソンは情報を得るため、自分の記憶を掘り出そうと、レイナから押収しフィッツとシモンズが改良した記憶マシンを自分に使うよう指示する。記憶を掘り起こした結果、タヒチ計画の被験者だったデリクが、一部の記憶を取り戻し「図形」の意味を求めて、元被験者たちを殺害していることが判明。生き残っている被験者の一人ハンク・トンプソンの元へ向かったコールソンは、彼の自宅のガレージに立体型の「謎の図形」を発見。このことから図形が「都市の設計図」だったことが判明する。
メイたちは脱走したウォードを追跡していた。ウォードは秘匿回線でバクシと連絡を取りボストンのバーで接触。ホワイトホールと協力しようと試みていた。メイたちがバーに乗り込んだ時すでにウォードは目撃者たちを殺害し逃走。人質としてバクシが残されていた。
コールソンのチームは明らかになった「都市」の特定を最重要任務として動き出し、コールソンの図形を彫る「衝動」も消えていた。
バクシのスマートフォンの解析をしていたスカイにウォードから電話が来る。バクシとの約束通り「コールソンと引き合わせた」というウォードは、次に、実の兄であるクリスチャンと会う準備をしていた。

第8話 兄弟の再会/The Things We Bury

1945年、オーストリア。ホワイトホール博士(当時はラインハルト博士)は、オベリスクに触れても死なない中国人女性を発見。しかし直後にペギー・カーターらのSSRに捕まり秘密基地「ラット」に連行され、その後、44年収容生活を送る。ピアースの恩赦で1989年に釈放された際、かつての中国人女性が全く年老いていないことから、研究を再開。1年後の1990年にホワイトホールと名前を変えて表舞台に戻ったのだった。その後、ヒドラに誘拐された妻・ジャーインを探していたカルは、解剖され、ズタズタにされ打ち捨てられたジャーインを山林で発見し、ホワイトホールへの復讐を誓ったのだった。
世界の終わりに人々を選別する「予言者」についてホワイトホールに教えていくカル。カルは、都市を探しているコールソンらと接触し、負傷したトリプレットを助けた際、コールソンに自らがスカイの父親であることを告げ、都市にオベリスクを持ち込んだ時には、テッセラクト・四次元キューブ以上の力を発揮すること、そして、その中心にはスカイがいることを告げる。こうしてコールソンらは衛星による地下レーダーと熱探知で「都市の地図」と合致する都市を特定する。
夏の別荘でグラントに襲撃されるクリスチャン上院議員。ウォードはクリスチャンと両親を殺害し、ホワイトホールと協力関係になる。ウォードとカルと引き合わせるホワイトホール博士。しかし、カルが狙っていたのは自らの妻をバラバラに解剖したホワイトホールの命だった。
バクシの尋問中、バクシは頬骨に隠していた薬で自殺を図り、治療室へ運び込まれる。このことを機に言い合いになったボビーとハンターは、結果としてよりをもどすことになる。

第9話 地下に眠る都市/…Ye Who Enter Here

マックは、ボビーとハンターがヨリを戻したことで、二人だけで行なっている秘密作戦が気づかれるのではないかと心配していた。フィッツはラボを離れてマックのところでメカニックになるとシモンズに告げ、二人の関係はもはや修復不可能のレベルになっていた。 
「オベリスクは強力な兵器で、ヒドラは何百万人をも殺せる大量殺人兵器の製造を目論み、都市の聖堂(錠前)にオベリスク(鍵)を持っていくことでその封印が解かれる。」このことからコールソンらシールドは、聖堂のある地下都市の破壊を目的に動き出す。
手始めに、ヒドラに追われバンクーバーに潜伏していたレイナを救出。ホワイトホールが差し向けたエージェント33に奪われそうになるもバスまで連れ帰る。オベリスクを持つことができる選ばれた者以外は、聖堂内で死ぬ可能性があるというレイナ。この事実を聖堂へ向かっていたコールソンへ伝えようとするスカイだったが、レイナに取り付けられた発信機を追ってきたウォードたちが現れバスは包囲される。こうして、スカイとレイナはホワイトホールらの手に渡ってしまう。ウォードがバスを破壊しなかったことを知ったホワイトホールは、エージェント33にバスを撃墜するように指示する。
コールソンらはプエルトリコの地下都市と聖堂へ向かい、小型ドローンを送り込むも通信が遮断されたことから、マックが地下の様子を見に行くことになる。しかし地下で「地面の図形」に触れたマックは突如凶暴化し、仕方なくコールソンは「マックはすでにマックではない」と、彼を聖堂内に閉じ込めるよう指示する。

第10話 オベリスクの力/What They Become

ホワイトホールが送り込んだ戦闘機に追われるバス。メイの操縦によりダミーを追撃させ危機を回避し、プエルトリコにいたコールソンらと合流するメイたち。チームは地下聖堂へ残してきたマックの救出よりも先に、ヒドラを止める任務へ移る。
ハウリングコマンドーズがかつて使用していた機械仕掛けの起爆装置で、プエルトリコの地下都市と聖堂を爆破しようとするコールソンチーム。コールソンは、もしもの時は、シータプロトコルを発動するようにサム・ケーニグに伝える。
同じ頃ホワイトホール率いるヒドラは、廃墟となったサン・フアンの劇場跡地からプラズマドリルで地下聖堂へ辿り着こうとしていた。
レイナとともにウォードに連れていかれたスカイは、廃墟となっているレオン劇場で実の父親カルと引き会わされる。そこでヒドラがスカイの母親に何をしたかをスカイに打ち明けたカルは、用済みとなったホワイトホールを殺しに向かう。
ホワイトホールはスカイ、ウォード、カル、レイナを捕らえ、地下聖堂に向かう入り口の掘削を進める。しかしホワイトホールは、カルの目の前でコールソンによって殺されてしまい、カルは自分の手で復讐を果たせず、怒りの矛先をコールソンへ向ける。カルはスカイの前から立ち去る前に、スカイの本当の名前である「デイジー」と彼女を呼び姿を消す。
コールソンを助けたスカイは、オベリスクを持ち聖堂へ向かうレイナを止めるために追跡する。オベリスクが聖堂の台の上に置かれた時、爆弾を解除するために地下にいたトリップが入ってきてしまう。台の上のオベリスクの中からテリジェンクリスタルが現れ、聖堂内のスカイ、レイナ、トリップの3人は爆風を受ける。するとスカイとレイナがいち早く石化し、遅れてトリップも石化する。その後、スカイとレイナは石化から再び解放されるが、トリップは石化からまま戻らなかった。
同じ時、とある場所で別のオベリスクが反応して光っていた。それに気づいた「目のない男」は「新しいものがいる。私が調べると皆に伝えろ。」と受話器に向かって話す。

第11話 衝撃のあと/Aftershocks

1983年。目がなく、瞬間移動をする男・ゴードンは、テリジェネシスを経るもその変化を受け入れられず、感情が不安定で自らの能力をうまくコントロールできずにいた。スカイの母ジャーインは、周囲の人たちとゴードンを正しく導こうとしていた。ジャーインの側近の男は「不老のジャーインがいなければ、彼のような変化した人を温かく導くことはできず、精神が壊れてしまうだろう」と話す。
プエルトリコの地下の聖堂でテリジェンミストを浴びたスカイは、シールドの隔離室で検査を受ける。シモンズが指揮を取り、オベリスクによって導かれたプエルトリコの街は入り口を破壊し、海底に沈めることになる。テリジェネシスによって変わり果てた姿になったレイナが目撃されるが姿を眩ます。
ホワイトホールも参加していたヒドラの幹部会議では、シールドを倒した者が、ホワイトホールの後任として選ばれることが決定。ヒドラ幹部のリスト博士は、テリジェネシスにより、ヒドラに利益をもたらすものがないか調べる始める。
コールソンは指揮官が不在のヒドラを倒す作戦を進める。米軍への輸送中に事故を装ってバクシをわざと逃し、ハンターが「ヒドラの運転手」としてバクシに接触。ハンターはバクシに「ヒドラ幹部の中に裏切り者がいる」と告げ幹部たちに疑念を抱かせ、結果としてバクシとリスト博士以外が死ぬことになる。
フィッツは地下聖堂にいたときにスカイがつけていた生体測定器の修復作業を進めていた。そこでフィッツは、スカイがもはや「人間ではない」ということに気づき、血液検査の結果を、古いサンプルのものにすり替え、スカイの秘密をチームメンバーにはしばらくの間隠すことにする。
トゲトゲが生えた自分の姿に絶望し、アメリカ軍に囲まれ自殺を試みるレイナ。彼女のもとにワープして現れたゴードンはレイナを連れ去っていく。スカイがテリジェネシスを経たことを知ったカルは、コールソンを倒すためにインデックスリスト者を仲間に引き入れて復讐をしようと目論む。
スカイの検査も終わり亡くなったトリプレットの思い出話しに花を咲かせるメンバーたち。その頃、マックが作成しコールソンにプレゼントしたコールソンの愛車ローラのラジコンが、コールソンの執務室のツールボックスのありかを暴くことに成功。マックとボビーは、外部の何者かと連絡を取ろうとしていた。

第12話 記憶をなくした戦士/Who You Really Are

記憶を無くしてるシフがポルトガルに現れ、コールソンチームに保護される。プエルトリコの一件で、整備士として働いていたマックが現場エージェントに加わり調査を進める中で、シフがヴィンタクという良識派のクリー人を追っていることが判明する。こうしてヴィンタクを捕らえたコールソンチーム。ヴィンタクは、地球でテリジェネシスの反応があったことから、そこで誕生した「殺戮兵器」を倒しに来たという。この話を聞く中で、スカイはテリジェネシスで覚醒した能力を抑えきれなくなり、基地が地震に見舞われる。こうしてスカイこそが「殺戮兵器」であることが誰の目にも明らかになる。スカイを地球から連れていこうとするヴィンタクとシフだったが、スカイは自らの能力を抑えるため自らにアイサーを撃ち意識を失う。こうしてスカイはバスの尋問室へ隔離されることになる。
シフはスカイの行動を見て、スカイをコールソンたちに任せることを決め、ボビーとの戦闘の際に記憶を無くしたヴィンタクと共に地球からさっていく。
この頃、ハンターは正式にシールドに誘われ、ボビーとの仲もより深くなっていたが、マックとボビーが隠していることについて直接マックに問い詰める。そこでマックはハンターの首を絞めて、気を失わせ監禁してしまう。

第13話 能力者たち/One of Us

インデックス入りしたスカイの精神鑑定のため、メイの元夫で、コールソンとも知り合いであるガナー博士が呼ばれる。元妻であるメイとの間にわだかまりの残るガーナーは鑑定結果を残し、シールドの相談役の誘いを断りシールドをさっていく。
シモンズは、フィッツがスカイのDNAを改変し、事実を隠していたことから、フィッツのことを信頼できなくなっていた。
その頃カルは、インデックスリスト者のうち危険な人物が収容されているブリンモア療養所を襲撃し囚人たちを逃す。そのうちの一人アンガーを連れてカルたちが向かったのは、コールソンの故郷でもあるマニトワックの高校のアメフト場。コールソンチームとカルたちとのやりとりの中で、スカイが力を発動し、その直後意識を失ってしまう。
スカイは自分の力を抑えていたのではなく、自分の内側に向けることで自分を痛めつけていたことが判明する。コールソンはシモンズに、スカイやレイナたちのクリーが行ったDNA改変の原理の調査を最優先で始めるよう指示する。
マックに監禁されていたハンターはとある基地に案内され、マックたちが「本物のシールド」の任務としてコールソンのシールドに潜入していることを明かされる。

第14話 顔のない女/Love in the Time of Hydra

ガーナー博士の鑑定結果から、コールソンはスカイをフューリーの別荘に隔離しておくことにする。
エージェント33に助けらたウォードは、シールドとヒドラに関わりのあった科学者を誘拐し、彼女の破損したナノマスクを修理させる。自分の存在価値を見失っていたエージェント33が自信を取り戻せるようにと、二人は、タルボットのいる空軍へ潜り込み、バクシを誘拐する。その後、過去の顔写真を取り寄せ本来の顔を取り戻したエージェント33とウォードは、バクシにファウスタス式洗脳を施し始める。
この一件で、タルボットから連絡を受けたコールソンは、スカイから四発の銃弾を浴びたウォードが生きていることを知る。
ハンターはマックによってイリヤッド号艦長だったゴンザレスが中心のもう一つのシールドに連れていかれる。コールソンの行動の異常性から、秘密が多すぎるコールソンチームを排除しようとするゴンザレスのシールドだったが、ハンターは、ゴンザレスのことを信用することもなく、ゴンザレスの艦隊から自力で逃げ出すのだった。これを受けてボビーは、コールソンの持つ「ツールボックス」の回収のためプレイグラウンドへ戻ることになる。

第15話 2つのシールド/One Door Closes

シールド崩壊の日。フューリーの命令でマックたちを救出へ向かったボビーやハートリーたちは、ゴンザレスが指揮していた艦隊から、ゴンザレス艦長を含めた生き残りのエージェントを救出することに成功し、シールドの再建を誓っていた。
マックに続いてコールソンのシールドに戻ったボビーは、すぐさまプレイグラウンドの配線の一部を切断し、メインコンピューターにUSBを差し込む。ボビーはコールソンに「ハンターはマックと別れた後行方不明になった」と伝える。
マックはコールソンの信頼を勝ち取り、愛車「ローラ」に触れることを許可されるが、コールソンはマックの行動がおかしいことに気づいており、マックが問い詰められる羽目に。
ボビーによってツールボックスが持ち出されたあと、毒ガス攻撃と共にゴンザレスらがプレイグラウンドへ突入し制圧する。ボビーは隠れ家のスカイの元へ向かう。
フューリーの隠れ家のスカイの元に現れたテレポート能力を持つゴードン。彼はスカイに「スカイと同じ変化した者」たちが暮らす場所に行く気はあるかと聞く。ゴードンが言うには、特別な能力を得た場合、多くは混乱するので正しく導くことができる人が必要だという。スカイが得た能力は、この世のあらゆる振動に関与する力で、正しく導くことができれば、スカイがあるべき姿になれると話す。
ゴンザレスの襲撃を逃れたメイは、スカイに連絡を取り自力で逃げるように指示する。山荘から逃げるスカイを追うボビーやカルデロンら。兵隊に見つかったスカイは、ボビーらにパワーを使ってしまい7人のシールドエージェントが犠牲となる。カルデロンは深い傷を負い、スカイはゴードンを呼び求め、現れたゴードンに連れていかれる。
メイがあらかじめ準備していたルートでプレイグラウンドから逃げたコールソンは、ゴンザレスのシールドから脱出していたハンターと合流。二人は、ゴンザレスのチームへの反撃を開始する。

第16話 アフターライフ/Afterlife

中古車屋の店主の車を「いただいていく」コールソンとハンター。スカイを匿っていたフューリーの別荘へたどり着いた二人は、残されていた監視カメラからスカイがゴードンに連れ去られたことを知る。コールソンはゴンザレスらの思いも理解した上で現時点で最善の決断をする。ゴンザレスのシールドを誘き寄せ、援軍としてのマイク・ピーターソンの協力を得てクインジェットを盗み逃走。コールソンは、今の状況の解決できる選択肢として「ウォードと協力する」という最悪の選択をする。
スカイは能力者たちが暮らす「アフターライフ」で、案内役のリンカーンから手解きを受ける。スカイは同じ施設にレイナがいることを知り、自分はここに居ることはできないと激怒。そこへ、この施設の責任者の中国人女性、ジャーインが止めに入る。
ツールボックスの中身を知りたいゴンザレスら。頼みのシモンズとフィッツはコールソンへの忠誠心が強く、ゴンザレスの強行的な行動に協力を拒む。シモンズは「遺伝子マーカーで開けられる」というが、この「合図」をきっかけにフィッツはシールドを去って行ことになる。この際シモンズは、フィッツの荷物の中に本物のツールボックスを紛れ込ませ、ゴンザレスの元からツールボックスを持ち出すことに成功する。
その頃、プレイグラウンドの監禁室に入れられていたメイは、シールドを守るためにゴンザレスのシールドの幹部への誘いを受けていた。

第17話 メリンダ/Melinda

7年前の2008年。バーレーンの任務の日。
動き始めたばかりのアベンジャー計画について話すコールソンとメイ。コールソンが対象者のエヴァに接触していたところ、地元のギャングが子供を連れた立て篭もり事件が起こる。エージェント12名の安否が不明になる中、コールソンは、乗り込んできたバーレーン軍を「食肉細菌の細菌兵器がある」と言って引き留める。メイは、その間に立て篭もり現場内部へ潜り込む。
「お前に苦痛を」
メイが見たのは、エージェントたちが少女の「特殊能力」に操られている姿だった。ジャーインの言いつけを破り、娘カーチャのためにアフターライフからテリジェンクリスタルを盗み、娘にテリジェネシスを施した少女の母親エヴァ。しかし幼すぎたカーチャは、自分の力をコントロールできず自分が持つ心の闇に打ち勝てず、周囲の大人たちを能力で取り込んでは殺してしまうのだった。その事実を知ったメイは、幼きカーチャを殺める他に選択肢はなかった。
少女の暴走を止めるために拳銃で命を奪ったこの一件以来メイは、シールドから表彰を受けたもののガーナー博士との結婚生活も終わってしまい、シールドのフィールドエージェントから事務職へ異動したのだった。
フィッツの追跡とコールソンの説得のためにメイがゴンザレスのチームの指揮をとる。そこでメイはコールソンが極秘で進めていたシータプロトコルの存在を知り、この情報が本当かを確かめるため、シモンズにツールボックスを開くように指示する。
本物のツールボックスを託されてコールソンとの合流を目指すフィッツは、とあるファストフード店のトイレでツールボックスを開き、コールソン、ハンターとの通信に成功し、合流しようとしていた。
スカイは「アフターライフ」での責任者のジャーインに導かれ、自身が持つ「あらゆる周波数に関与する力」を制御し山を動かし、雪崩を起こすことができるようになる。その中でスカイは、ジャーインこそが、実の母親だと打ち明けられる。しかし、メイが関わったバーレーンの事件が知られている「アフターライフ」では、二人の関係を公にすることはできなかった。スカイは複雑な気持ちを抱きながらも、父親のカルを含め3人での初めての食事を摂る。この光景を見たリンカーンは、レイナの能力が「予知」であることに気づく。

第18話 敵か味方か/The Frenemy of My Enemy

フィッツはコールソンらと合流し、ウォードのもとへ向かう。ウォードはバクシを通してストラッカーとリスト博士にコールソンたちを引き会わせることを約束する。
ヒドラ幹部が殺し合いをしたのちに生き残っていたリスト博士らは、アフターライフから出たばかりの能力者候補のイーサンを捕らえ実験をしていた。リスト博士は、久々の再会となったバクシとの会話の中で、ゴードンの存在を知っていることを仄めかし、ヒドラたちの狙いがスカイたち能力者であることが判明する。
スカイはカルとジャーインの家族3人で過ごした食事に心地よさを感じていたが、カルがアフターライフから出ていかざるを得ない状況に、しっかりと事実を告げるべきだとジャーインに訴え、カルがアフターライフから出ていく前に、一緒に彼の故郷ミルウォーキーへ旅行をする。
シモンズは、ツールボックスの素材であるヴィブラニウムを切断できる可能性のある次世代型のファイバーレーザーが空母から運ばれてきたことから、本物のツールボックスをフィッツに託したことをメイに伝える。メイはボビーらにツールボックスが偽物であることを告げ、シモンズにはマイクをハッキングしてコールソンらの居場所を突き止めるよう指示する。そこへスカイから連絡が入り、カルをシールドで保護してほしいという。こうして、ボビーらがカルの故郷ミルウォーキーへ向かう。
バクシが、ゴードンを捕まえるためにマイクを率いてカルとスカイのいるビルへ向かう。直前にリンカーンと遭遇し、自分たちが監視されていることに気づいたカルは暴走を抑えきれず、スカイとともにゴードンに連れ戻されてしまう。さらにバクシの裏切りによりリンカーンとマイクはリスト博士に捕まり、ウォードと行動するコールソンたちは、一時撤退を余儀なくされる。その後、この時、敵対していたボビーとマックがビルに来た時、コールソンは自分達をゴンザレスの元へ連行していけと伝える。

第19話 汚れた6人/The Dirty Half Dozen(「アベンジャーズ:エイジ・オブ・ウルトロン」の前日談・ソコヴィアの破壊の数日前)

レイナは、ゴードンらが何者かに激しく攻撃を受け負傷する予知夢を見、それは現実のものとなる。スカイ、カルはアフターライフに戻るが、リンカーンとマイクはヒドラに連れ去られてしまう。
コールソンは、今こそ、ヒドラの北極圏の基地を攻めるべきだとゴンザレスを説得し、ハンターやフィッツ、ウォード、キャラもバスへ乗り込んでくる。リスト博士とバクシは、リンカーンから遺伝子成分を分離し、その能力を再現したいと考え、ヒドラの新たな体制を構築しようとしていた。監禁されていたマイクは義眼を除去され、コールソンたちはヒドラの動きが見えなくなってしまう。
ウォードの部下となっているバクシを頼りに、北極圏のヒドラの基地に囚われている能力者リンカーンとマイクの救助と、ミサイルシステムの解除へ向けて作戦を決行するシールド。
シモンズはシールドにとっての脅威であるウォードを本気で殺すべきだと、スプリンター爆弾をフィッツに見せ、コールソンチームでの作戦のメンバーに志願し、ウォードを含めたコールソンチームがヒドラの基地に潜入。スカイはレイナの言う通り、ヒドラに手術を施され心肺停止状態のリンカーンを自らの力を使って処置し蘇生させ、救出に成功する。シモンズはウォードにスプリンター爆弾を浴びせようとするも、バクシがウォードの身代わりになって死去する。
作戦通り、ヒドラ基地はウィーヴァーの部隊が撃墜し、コールソンチームは無事帰還。この際に、リスト博士はうまく逃亡し、ウォードもまたシールドを去るが、プレイグラウンドに残してきたキャラを頼むとコールソンに連絡を入れる。
マイクはリスト博士らによって義足を外された上に分解され、しばらくの間は現場復帰できない状態になる。
ゴンザレスは、スカイとリンカーンを手に入れられ満足していたが、コールソンは自らが殺された際にロキが使っていた杖「セプター」がソコヴィアにあることを突き止め、マリア・ヒルとの話し合いの中で「シータプロトコル」の発動を宣言。
これらのことを感知したレイナは、「金属の男が街を破壊し、世界を永遠に変えてしまう」とジャーインに話す。

第20話 傷/Scars

一年前、2014年。シータプロトコルの担当者であったサム・ケーニグに近況の報告をするコールソン。このころ、シモンズはヒドラに潜入し、ゴンザレスの消息は未だ不明。メイには「人材探しのための出張」と伝えていたコールソン。巨大なヘリキャリアを使用し、アベンジャーズと共にヒドラを撲滅させる作戦「シータプロトコル」が極秘裏に進められていた。
現在。ウルトロンの出現により、ソコヴィアが大破した翌週。ゴンザレスはコールソンが隠していたことの全容を知り、コールソンの誘いを受け入れ、シールドは再びコールソン長官の元一つになる。
仲間たちを良く導くために予知能力を使えるようになり、満ち足りた生活を送れるようになったレイナ。彼女が見る夢を聞いたゴードンは、その話をジャーインに伝える。それは「深い穴の空いた巨大な石が、次の瞬間には打ち寄せる波のような海になる」という不思議なもので、ジャーイン曰く、それはクリーのもので能力者を破壊する力を持つもの。これは、祖先から伝えられた話で、その巨大な石はテリジェネシスを経た能力者(インヒューマンズ)たちを破壊するために作られたものだという。
モノリスを持っているシールドを恐れるジャーインたちインヒューマンズ。対して、コールソンらシールドは、インヒューマンズと自称する人々をインデックス入させるべきだと考えるが、スカイは、その必要はないと何度も説得する。そこでコールソンは、ジャーインがスカイの実の母親であることを教えられる。
バーレーンでインヒューマンズの存在がいかに危険かを知っていたメイは、もっと早い段階でコールソンを止めるべきだったと、コールソンに直接伝える。
リンカーンは査定が完了し、スカイと共にアフターライフへ戻る。スカイはジャーインにシールドと話し合いするよう説得。ジャーインは、シールドとの交渉が終わるまで、レイナを監禁する。ゴンザレスはシールドが押収していたジャーインの故郷の子供が生まれる時のお守りを持ちジャーインとの交渉の場へ。インデックス入りのことを話すゴンザレスだったが、ジャーインは、ゴンザレスにテリジェンミストを浴びせ殺してしまう。さらにジャーインは、ゴンザレスの銃で自分の体を打ち抜き、スカイたちの前に出て「シールドが撃った、戦争が始まる」と喧伝する。
メイはボビーとクインジェットで偵察へ。しかし、ボビーと行動を共にしていたのはメイになりすましていたキャラで、ボビーはウォードに捕まってしまう。

第21話 S.O.S.(前篇)(ここよりスカイの表記は「デイジー・ジョンソン」に変更)

ジャーインが自作自演で自らの体に銃を打ち込んだ際、時を同じくしてゴードンがシールドからクインジェットを奪い、アフターライフの施設を空爆する。こうしてジャーインとゴードンが計画していた通り、シールドとアフターライフの住人たちは完全に戦争状態となる。
「トゲはひなぎくを守っている。ジャーインは間違った方へ人々を導いている、デイジー(スカイ)こそが皆を導くべき。闇の中でも真実を見る」。レイナは、この日見た予知夢で、自分の存在意義がわかったという。それは、デイジーの変身を手助けするためだった。
真実を暴き皆に知らせることが使命だというレイナは、デイジーが見ている前で、ジャーインによって殺されてしまう。それを見ていたデイジーは、ジャーインがシールドと戦争を始めた事実を知るが、次の瞬間、殴られて拘束されてしまう。
ゴードンが連れてきた生贄男性の精力を奪い、驚異的な回復をしたジャーイン。その後、アフターライフの住人たちはウィーヴァーが指揮をとっていたイリヤッド号を制圧。テリジェンクリスタルを破壊し、儀式と称して、シールドの幹部やエージェントを殺害していく。
ゴンザレスがジャーインを撃ったことに疑問を抱くコールソンは、カルから情報を引き出そうとする中で、中国での084の事件も今回も、全てはジャーインにうまく利用されていたカルが引き起こしていたことが判明する。超人薬を三本飲んでいたカルは、心臓発作を起こし、アドレナリンを打ったことで状態が安定化し怪力を手に入れることに成功し、プレイグラウンド内で暴れ回る。コールソンは、デイジーが持つ広い心はカル譲りで、カルもまたジャーインとデイジーのために、ジャーインの言いなりになり、人喰いとなってしまったジャーインのためにその生贄を捕らえていたことを悔いていた。カルはコールソンの説得により、ジャーインの暴挙を止めるためにシールドと協力することになる。
フィッツとハンターは連絡が取れなくなったボビーの行方を捜索。監視カメラから、エージェント・パラマス(キャラ・パラマス)がメイになりすましてボビーを連れ出したことが判明する。ボビーは、かつてキャラをヒドラに売り払ったことから、ウォードとキャラから拷問を受けていた。

第22話 S.O.S.(後編)

イリヤッド号は100人ほどのシールドエージェントが捕虜となり、他のエージェントは殺害されていた。ジャーインたちは、SOS信号を出し、世界中からシールドエージェントがイリヤッド号に集まるよう仕向け、イリヤッド号の空調からテリジェンミストを流し、テリジェネシス後に生き残った者のみと共に、この世で生きていこうとしていた。マックによって檻から助け出されたデイジーは救難信号が罠であることを暗号でコールソンらに知らせ、コールソンは、コールソンチーム以外のエージェントたちを退却させる。
コールソンとフィッツは、空調室のテリジェンクリスタルを守るマックと合流。テリジェンミストを発生させようとするゴードンと戦い、フィッツがゴードンを倒すことに成功。その際ゴードンが手に持っていたテリジェンクリスタルが床に落ちて割れそうになるが、コールソンが外野手さながら左手でキャッチ。石化が進む中、マックが斧を振り下ろし、コールソンの腕は切断されるも一命を取り留める。
デイジーはリンカーンを説得することに成功し、次にジャーインを説得しようとするも逆にジャーインに力を吸い取られるそうになる。そこへやってきたカルは、ジャーインを締め殺し、コールソンたちシールドはイリヤッド号の奪還に成功する。
メイとハンターらによって助け出され、一命を取り留めたボビーは、ハンターにシールドから身を引くことを伝える。
マックは異星の物体への不信感を抱きながらも未だシールドに残っていたが、メイは休暇申請を出しシールドから去っていく。
コールソンは、フィッツが設計に携わる新たな計画を進めようとしていた。
ヒドラは、ホワイトホール、ストラッカー、リスト博士ら、これまでの幹部は既にこの世をさっていた。キャラを自らの手で殺めてしまった痛手を感じていたウォードはその「ケジメ」のために、ヒドラ関係の人脈で、新たなヒドラを作ろうと画策する。
シールドを去ったカル。ウィンズロー動物診療所を開き、新たな人生を歩み始めていた。しかし、カルは過去の記憶がかき消され、デイジーのこともわからない。
「波紋は消えない。次第に大きくなり、やがて潮流になる。」コールソンは能力者中心のチームをデイジーを軸に組織する決意をデイジーに伝える。
デイジーがその力によってイリヤッド号から海底へ落としたクインジェットに載せられていた大量のテリジェンクリスタルが、海水に溶け出す。そして、獲られた魚から抽出したフィッシュオイルが店頭に並び始めるのだった。
モノリスが保管される部屋で仕事をしているシモンズをデートに誘うフィッツ。フィッツが部屋を出て行った後、モノリスが入る扉が開いていることに気付き閉めようと近づいた次の瞬間、モノリスが溶け出し、シモンズをその黒い構造体の中へと飲み込んでしまう。